Projekt ENCODE dodao je još malo ulja na vatru u “svetom ratu” između evolucionista i pristaša kreacionizma, “inteligentnog dizajna” i svih ostalih antievolucionista (sa stajališta prvospomenutih “pravovjernika”). Neki evolucionisti odaju dojam da se osjećaju izdanima, pa umjesto da ENCODE vide kao napredak u otkrivanju stvarne uloge DNK-a, njih više zabrinjava što bi takva objava mogla poslužiti kao snažan argument protivničkom taboru.

T. Ryan Gregory poziva se na “zdrav razum” (Gregory, 2012.)Gregory, T. R. (2007.), The onion test, 25.04.2007., http://www.genomicron.evolverzone.com/2007/04/onion-test/, viđeno: 01.10.2012. jer nije moguće da je za tako malo gena potrebno tako puno “materijala.” Može se postaviti i pitanje koliko ima zdravog razuma u tome što je Gregoryju za objavljivanje nekoliko stotina znakova na svom blogu bilo potrebno nekoliko stotina milijuna “znakova” programskog koda10. Gregory svoj tekst završava napomenom koja bi nas trebala utješiti: ako nešto i jest “otpad”, to ne znači da je potpuno beskorisno (s time bi se zasigurno složili balegari).

Neki propagandisti evolucionizma uložili su dosta vremena i energije za stvaranje priča u koje se “otpadna” DNK sasvim lijepo uklapa. Jednu je ispričao i Carl Zimmer, o tome da taj dio sadrži ostatke naše evolucijske borbe s različitim vanjskim utjecajima:

“‘Junk’ DNK je sačinjena od DNK segmenata nalik parazitima, poznatim kao mobilni genetski elementi, koji mogu stvarati svoje nove kopije koje se onda mogu ponovno ubaciti u genom. Neki mobilni genetski elementi najprije su bili virusi koji su svoje gene integrirali u genom svog domaćina. Izvor drugih mobilnih genetskih elemenata tajanstveniji je. Jednom kada se udome u genomu domaćina, mobilni genetski elementi mogu stvoriti na tisuće kopija koje zauzimaju veliki prostor.” (Zimmer i Emlen, 2012., 132, moj prijevod)

Zimmer, C. i Emlen, D. (2012.), Evolution – Making Sense of Life, Greenwood Village, Roberts and Company Publishers

“Instead, it is made up of parasite-like segments of DNA, known as mobile genetic elements, with the capacity to make new copies of themselves that can then be reinserted into the genome. Some mobile genetic elements originated as viruses that integrated their genes into the genome of their host. The origins of other mobile genetic elements are more mysterious. Once they become established in their host genome, mobile genetic elements can proliferate into thousands of copies and take up large amounts of space.”

Za razliku od tajanstvenog Zimmera, ENCODE želi sugerirati da je nekadašnji “otpad” u stvari program koji upravlja puno manjom bazom podataka gena koji onda zaista mogu biti gotovo identični kod čovjeka i vinske mušice.

Na pitanje što je s preostalih 20% koji nisu sekvencirani, Ewan Birney, glavni koordinator analize i glasnogovornik ENCODE-a, odgovara da su do sad imali prilike proučiti “samo” 147 vrsta stanica i da se očekuje da će se pokazati, ako se istraživanje bude i dalje provodilo, da ni preostale vrste stanica nisu “otpad” (Luskin, 2012.).Luskin, C. (2012.), Already Outdated: Will Carl Zimmer Update His New Evolution Textbook on Junk DNA?, 10.09.2012., http://www.evolutionnews.org/2012/09/already_outdate_1064151.html, viđeno: 30.09.2012. Treba vidjeti kako će se ovo dalje razvijati i hoće li se nakon razotkrivanja ostatka netko zapitati tko je i gdje je (inteligentni) programer. Trebat će odgovoriti i na pitanje gdje se nalazi informacija o prostornom rasporedu, tj. kako se primjerice na tjemenu stvaraju stanice koje tvore vlasi kose, a na vrhovima prstima one koje čine nokte? Ako te stanice imaju različito aktivne “regulacijske elemente” iste DNK, postavlja se pitanje kako se DNK različito aktivira na različitim pozicijama u fizičkom tijelu. Ni teorije o “gradijentima morfogena” ne uspijevaju pronaći zadovoljavajuće objašnjenje za tu pojavu.

Smatram da je ranije spomenuti Gregory ponudio i jedan vrlo zgodan test prije negoli je počela uzbuna zbog objave ENCODE i na kojeg bi se u budućnosti evolucionisti još mogli referirati. Nazvao ga je ‘test lukom’ (engl. Onion test) koji bi trebao navesti na razmišljanje je li cijeli “otpad”11 stvarno funkcionalan, tj. je li zaista svrhovit (Gregory, 2007.).Gregory, T. R. (2007.), The onion test, 25.04.2007., http://www.genomicron.evolverzone.com/2007/04/onion-test/, viđeno: 01.10.2012. Luk ima puno dulju DNK od čovjeka, ali isto tako među različitim lukovicama postoje velike razlike u veličini nekodirajućeg dijela. Testno pitanje glasi: “Što bi lukovica X trebala napraviti sa za petinu više regulacije, strukturnog održavanja ili bilo kojom drugom općenitom funkcijom nego lukovica Y iz iste obitelji?” Odgovor na pitanje je predvidljiv – ništa. Potpuno se slažem s predloženim odgovorom jer je luk i dalje luk. Ovaj test možda doživi i trenutak u kojem će napokon postati jasno, nakon još par milijardi utrošenih na daljnja istraživanja, da kraća ili dulja antena suštinski ne utječe na sadržaj primljenog programa. DNK luka, bila ona duža ili kraća od ljudske, može primiti samo upute kako izgraditi luk.

Da će se još puno novaca i vremena utrošiti ustrajući na evolucionizmu i doživljaju funkcionalnosti DNK na striktno molekularnoj razini pokazuju i studije (npr. Graur i sur., 2013.Graur, D. i sur. (2013.), On the Immortality of Television Sets: “Function” in the Human Genome According to the Evolution-Free Gospel of ENCODE. U: Genome Biol. Evol. 5(3):578-590, doi:10.1093/gbe/evt028; Rands i sur., 2014.)Rands, C. M. i sur. (2014.), 8.2% of the Human Genome Is Constrained: Variation in Rates of Turnover across Functional Element Classes in the Human Lineage. U: PLoS Genet, 10(7): e1004525, doi:10.1371/journal.pgen.1004525 koje su uslijedile kritizirajući ENCODE-ovo tumačenje DNK-a.