Ovi novootkriveni spisi nisu otkrili radikalno drukčiju sliku Krista od one već poznate. I za rane kršćane Isus je bio božanska inkarnacija ("utjelovljenje" Božje riječi), nazivali su ga "Spasiteljem" i potvrdili su uskrsnuće. Svi ovi mistični aspekti nisu, dakle, mogli biti tek kasnija izmišljotina Crkve. U Marijinom evanđelju i u već ranije pronađenom spisu Pistis Sophia preneseni su čak i dijalozi između Isusovih nasljednika, prije svega Marije Magdalene, i uskrslog Krista!
Ipak, prepoznaju se i ozbiljne razlike od biblijskog Isusa. Iz "necenzuriranih" evanđelja proizlazi da Isus nije osnovao mušku crkvu. Tomino i Marijino evanđelje izvještavaju o konfliktu u vlastitim redovima, jer neki mlađi učenici, prije svega Petar, nisu željeli prihvatiti da Marija Magdalena, na osnovi njene tijesne veze s Isusom, ima posebno mjesto. U posljednjem logistikonu (114) Tominog evanđelja opisuje se kako se Petar, čak i u Isusovom prisustvu, okrenuo protiv Marije Magdalene i pokušao na isto navesti i ostale učenike:
"Šimun Petar im reče: 'Neka Marija ode od nas, jer žene nisu dostojne života.'"
Time je Petar mislio da žene nisu dostojne duhovnog života, tj. duhovne poduke i prakse – čime je naprosto zastupao tada uobičajeno mišljenje. Isus je odgovorio laganom ironijom, pa znao je da je Marija posvećena duhovnoj praksi više od svih njegovih učenika, koji su velikim dijelom bili nepismeni i doskora bili jednostavni radnici i ribari.
Kako bi presreo Petrove seksističke predrasude, Isus je rekao da će Mariju pretvoriti u muško, kako bi, kao i prisutni muškarci, postala dostojna božanskog kraljevstva – čime je indirektno pitao jesu li oni, muškarci, zaista dostojniji od Marije. U prenesenom smislu, ovdje muško znači i "duhovno", a žensko "materijalno":
"Isus reče: 'Vidite, ja ću je voditi, kako bi je učinio muškom, da ona, kao i vi, postane živući duh. [Uzet ću je sa sobom u Božju sferu, onda više neće biti žensko, nego isti takav muški živući duh kao što ste vi.] Jer, svaka žena koja se učini muškom ući će u Kraljevstvo.'"
I nakon Isusovog raspeća i uskrsnuća, ovaj konflikt i dalje je postojao. Kraj Marijinog evanđelja donosi ovu scenu:
"Nakon što Marija to reče, zašuti. Ovo je bilo to što je Spasitelj rekao njoj. Ali, Andrija je govorio protiv nje i reče braći: 'Recite, što mislite o Marijinim riječima? Ja ni najmanje ne vjerujem da je Spasitelj to rekao. Jer ovo su strana učenja'. Javio se Petar, i pitao o Spasitelju: 'Treba li Spasitelj potajice govoriti jednoj ženi, pretpostaviti je nama i ništa ne otkriti? Što bi sad trebali učiniti? Trebamo li razmisliti i poslušati je? Je li se Spasitelj njoj priklonio, pred nama?'
Tad zaplaka Marija Magdalena i reče Petru; 'Moj brate Petre, što onda vjeruješ? Misliš li da sam to sama smislila u svom srcu, ili da lažem o Spasitelju?' Levi je umiri i reče Petru: 'Petre, ti si oduvijek nagao. I sad moram gledati kako ustaješ protiv ove žene kao da je protivnik (neprijatelj, đavao). Pa ako je nju Spasitelj opunomoćio za njene zadatke, tko si onda ti da je naprosto proglasiš nevjerodostojnom? Sigurno je Spasitelj jako dobro poznaje. Zato je nju volio više nego nas.'"
A taj Petar, tvrdi crkvena Biblija, jest stijena na kojoj je Isus sagradio svoju "Crkvu". Kada Petar kaže da žene "nisu dostojne toga da imaju život", ili, prema drugim prijevodima, da "žene nisu dostojne života", to je Petrova crkva u sljedećim stoljećima čak shvatila doslovno ...
Izgleda da je Isus uz sebe imao uzak krug posvećenika (Marija i druge žene, Josip iz Arimateje, itd., možda i neki od učenika, kao npr. Ivan), dok je družina učenika činila vanjski, egzoterični krug, što je Petra očito prilično ljutilo.
U Filipovom evanđelju nalazimo nedvosmislene dokaze o Isusovoj zemaljskoj ljubavi:
"Tri žene bile su uvijek uz Gospodina: njegova majka Marija, njegova sestra i Magdalena, koje se zvala njegovom "suputnicom". Njegova sestra, i majka, i suputnica zvale su se Marija." (32, 1-2)
